El rey Fernando de Aragón y su mujer, la reina Isabel de Castilla, estuvieron vinculados a San Jerónimo de la Murtra. Cabe recordar que los Reyes Católicos estaban muy relacionados con los jerónimos. Isabel tenía por confesor a un jerónimo, fray Hernando de Talavera. Fernando ya había visitado San Jerónimo de la Murtra en vida de su padre. En 1486-1489 el prior de la Murtra, fray Benet de Sant Joan, se desplazó a Zaragoza en una misión secreta, para hablar con el Rey Católico. Durante los años 1489-1491, Fernando ayudó en la construcción de la galería de poniente del claustro; en cinco claves de vuelta se puede ver el escudo de los Reyes Católicos, donde falta la granada de Granada que aún no había sido reconquistada. Diversos personajes relacionados con la Corte de los Reyes Católicos pasaron por San Jerónimo de la Murtra y Badalona. Fray Pere Benejam, consejero de los monarcas, de los duques de Cardona y de los condes de Prades, fue prior de la Murtra.

Otro personaje importante vinculado con la Murtra y a la Corte de Fernando e Isabel, fue Jeroni Albanell, abogado y funcionario real que fue regente de la cancillería de Cataluña (1491-94) y después del consejo supremo de Aragón. En 1489 Fernando le había entregado, junto con Jaume Destorrent, el privilegio de la insaculación. Albanell había donado treinta y cinco libras para hacer una clave en el claustro, probablemente la de San Jerónimo, su patrón. Cabe recordar también que el rector de Badalona a finales del siglo XV era Bertran Enríquez de Lacarra, canonge de Barcelona y personaje de gran ascendéncia en la corte de los Reyes. Citemos también que el manuscrito “Practicas e costumes de la Rectoria de Badalona”, (1449) se encuentra hoy en día en la biblioteca colombina de Sevilla porque fue adquirido por Fernando Colón, segundo hijo del descubridor.

Acabándose un siglo de guerras y epidemias, y completada la reconquista, los habitantes de los reinos peninsulares buscaban una expansión más allá del mundo conocido. La noticia de unas islas más allá del océano, noticia que habría de cambiar la faz del mundo, llegó a través de Cataluña y precisamente desde este antiguo monasterio. Consta documentalmente que en el mes de abril de 1493 los Reyes Católicos estaban en San Jerónimo de la Murtra y aquí recibieron al navegante que aseguraba que había encontrado otro camino para ir a las Índias: se llamaba Cristóbal Colón. El admirante dió cuenta a los monarcas de su expedición, y pidió a un frayle del monasterio que lo acompañara en su segundo viaje. Este frayle, llamado Ramon Pané, oriundo probablemente de Guissona, se convertiría en el primer evangelizador y también en el primer etnólogo de América, por la relación escrita que dejó sobre los índios taínos que entonces poblaban la Española, hoy en día, República Dominicana.

El día 13 de julio de 1493 los Reyes reciben en San Jerónimo de la Murtra al embajador de Francia y Fernando firma en el monasterio diversos documentos.

De 1495 a 1498 fue prior de la Murtra fray Guillem Fuster, bibliófilo, que procedía del Valle de Hebrón y que se carteaba en latín con el archivero real, padre Miguel Carbonell (1434-1517) y con otros hombres de relieve en la cultura catalana, como los juristas Francesc de Casàgia i Joan Vilar, y los eruditos Teseu Valentí y Jeroni Pau. Este último, primo de Carbonell, era helenista y fue familiar y bibliotecario de Alejandro VI. Fue una clara imitación de los carteos humanistas. En tiempos de fray Fuster, un fraile lego que se llamaba Bartomeu Tort, “gentil oficial y destre mestre de cases” (según la crónica), “fizo allí lo campanar tan famos y galart de que fins ara gozem y verem tant ben acabat”. Tenemos suficientes datos, como para pensar que este campanario era el mismo que hoy en día vemos, y que, años después, fue modificado.

Entre los años 1498-1501, siendo prior fray Agustí Galceran de Gualbes, se construyó la vecina capilla de San Onofre. La construcción fue posible gracias a los donativos del abad de Estany y de misser Rovira. En el año 1502, en plena pujanza del monasterio, se habló también de ampliar la iglesia, pero se desistió del proyecto por las dificultades que comportaba. En cambio se acordó que se alargaría con la misma amplitud. Pero una vez comenzadas las obras, se paralizaron cuando apenas se habían realizado los fundamentos del presbiterio y de la sacristía.

 En el año 1505, gracias a fray Pere Benejam, y por donación de Joan Ram y de Isabel Laplana, el monasterio obtuvo el señorío del castillo y de la Villa de Tous, cerca de Igualada. El hecho de poseer este señorío ocasionaría a los frayles muchos problemas. Entre los años 1507-1508, en virtud del testamento de la señora Violant de Cabrera, los monjes comenzaron a construir la capilla de San Miguel, de la iglesia conventual. Las obres acabaron en el trienio 1508-1511 y durante el trienio siguiente se realizó el carner o vaso sepulcral de la capilla. Violant de Cabrera dispuso en su testamento que los cirios de la capilla fueran fabricados con cera de las ramas que rodeaban el castillo de Concabella. La mencionada sepultura efectivamente se construyó en el año de 1506.

La relación de los jerónimos de la Murtra con las comarcas de poniente continuba porque en los años 1511-1514 vistió el hábito fray Pere Vilaseca, natural de Guissona, y durante 1523-26 fray Jaume Patau, natural de Bellvehí.

A principios de 1514 prosiguieron las obras de la iglesia: se puso el vitral del presbiterio y la puerta de la sacristía. En el capítulo del 5 de marzo de 1532 se acordó adelantar las obras y se encargó la dirección a Tomàs Berça, el autor del campanario y del patio de los naranjos del Palacio de la Generalitat, de los Estudios Generales de Barcelona y de la iglesia de Dosrius, entre otras obras. Berça construyó el coro, que pagó el emperador Carlos I. El campanario se subió y se colocó un reloj según se explica en la crónica: “alçà lo campanar una llanterna més alt del que estava, que costa molts rals que sols de las teulas envernissadas se pagaren a mestre Mates quatorse lliures y setse sous, y per daurar lo pom y bandera del campanar o lo panell, tres lliures dotze sous mes. Sense estas obras feu lo pare Prior un relotge que sols la campana de les hores costà deu lliures y lo relotge quinze”.